מיקרואורגניזמים ממלאים תפקידים חשובים בבריאותן ובהגנה על שוניות האלמוגים, אך חקירת הקשרים הללו עשויה להיות קשה בגלל היעדר מערכות שוניות לא מקוללות ברחבי האוקיינוס העולמי. מחקר שיתופי בראשות מדענים במכון האוקיאנוגרפי של Woods Hole (WHOI) ובמרינות Centro de Investigaciones - Universidad de La Habana (CIM-UH) השווה מי ים מ-25 שוניות בקובה ובפלורידה קיז בארה"ב, במגוון ההשפעה וההגנה על האדם, ומצאו שאלו עם מגוון מיקרוביאלי גבוה יותר וריכוזים נמוכים יותר של חומרים מזינים ופחמן אורגני - שנגרמו בעיקר מפעילות אנושית - היו בריאים יותר באופן ניכר.
"השפעות אנושיות כמו דיג יתר וזיהום מובילות לשינויים במבנה השונית", אומרת לורה ובר, הסטודנטית לתואר שני ב-WHOI, המחברת הראשית של המאמר. שונית בריאה מספקת בית לקבוצה מגוונת של בעלי חיים ימיים, כולל אוכלי עשב שבתורם מסייעים לשלוט בצמיחת אצות. "הסרה של רועות אצות כגון דגים אוכלי עשב וקיפודי ים מובילה לעלייה במספר האצות, אשר מובילה לאחר מכן להגברת הפחמן האורגני, התורם להידרדרות של שוניות האלמוגים", מוסיף וובר.
חוקרים דגמו מי ים מכל אתר ומדדו חומרים מזינים כמו גם חבילה של פרמטרים המציעים תובנות לגבי קהילת החיידקים. הם מצאו הבדל בולט בין השוניות הימיות המוגנות בכבדות בקובה לבין השוניות הקרובות לחוף המושפעות יותר בפלורידה קיז.
Jardines de la Reina (גני המלכה), האזור המוגן הגדול ביותר בקריביים, הוא מערכת אקולוגית מורכבת של איים קטנים, יערות מנגרובים ושוניות אלמוגים הממוקמת כ-50 מיילים מהחוף הדרומי של קובה.שוניות ימיות מוגנות מאוד אלו מספקות בית גידול ושטחי האכלה למספר גדול של דגים, כולל טורפים מובילים כמו כרישים וגרגרים. כאן, חוקרים מצאו ריכוזים נמוכים של חומרים מזינים, ושפע גבוה של פרוכלורוקוקוס - חיידק פוטוסינתטי המשגשג במים נמוכים בתזונתיות.
"לקובה אין חקלאות מתועשת בקנה מידה גדול או פיתוח נרחב לאורך רוב קו החוף שלה", אומרת פטרישיה גונזלס-דיאז, מנהלת CIM-UH ומחברת שותפה של המחקר. "אז אין הרבה נזילות ומשקעים זורמים לשוניות". בנוסף, השוניות של Jardines de la Reina עשויות להיות חסומות יותר מהשפעות על ידי המנגרובים ועשב הים השוכנים בין האי קובה למערכת השוניות של Jardines de la Reina.
להפך, מי הים מהשוניות הנגישות יותר של לוס קנראוס, קובה - המושפעות יותר מבני אדם דרך קיום ודייג לא חוקי, תיירות ותעשיית הצלילה - והשוניות הקרובות לחוף בפלורידה קיז הכילו שתיהן אורגניות גבוהות יותר ריכוזי פחמן וחנקן.
המחקר מדגים שלשוניות קובה מוגנת ובריאות יותר יש רמות תזונה ופחמן נמוכות יותר, וקהילות מיקרוביאליות מגוונות יותר עם שפע של חיידקים פוטוסינתטיים בהשוואה לשוניות הקרובות יותר לחוף של פלורידה, המושפעות יותר. עבודה זו מעידה על כך שהטבע הימי ומעמדן המוגן ביותר של שוניות ב-Jardines de la Reina מילאו תפקיד בשמירה על בריאות השוניות הללו על ידי היותם רחוקים או מזעור השפעות אנושיות. ממצאים אלו עשויים לסייע למנהלי משאבים בקבלת החלטות להגן ולשקם את שוניות האלמוגים הקאריביים אל מול שינויים מבוססי בית גידול ואקלים.
